--> PSP さん
EF200mmF2.8LのI型とII型は光学系が全く同じで、基本的に描写能力に違いはないんだそうです。もちろん、申し訳程度の組み込みフードと立派な植毛処理の施された着脱式バネヨットフードによる遮光効果の違いはあります。
フードの装着自身は組み込み式のI型の方が楽に素早く行うことが可能なのですが、NSR3さんもおっしゃる通り、固定されませんので知らぬ間に格納される時があります。
またI型ではII型風の立派なフードが取り付けられるような改造をキヤノンSCで受け付けていますが、これは固定されない組み込みフードの先端に付けるようになるためにお薦めできません(特に逆付けでの収納が不便です)。
# 本改造は現在も行われているかどうかは未確認です。
基本的にI型の不満点は遮光効果の少なさの1点に尽きると思います。これさえ妥協できれば十分満足できるレンズになることでしょう。