--> honda さんこんばんは。
> ２台で兼用する場合、どうすればいいのでしょうか・・・。
これ私も悩みました。ファイル番号はCFカードに依存するみたいですね。
使い方によってはこの方がよいのかも知れませんが私もカメラ別に通し番号が分かれて欲しい派です。
フォルダ名が、カメラ機種名＋シリアル番号などに出来ればよいのかなと。
結局私の場合、基本的には個々のカメラ専用のCFカードで運用するようにしています。
異なるカメラで使用する際は、パソコンで一度フォーマットしてから
カメラで再フォーマット（念のため）してから使用するようにしています。
（パソコンでフォーマットするとファイル番号情報がクリアされます）
誤ってそのまま使用してしまった場合は、上記フォーマット後に
元々のカメラで最後に撮影したファイルをダミーでCFカードに入れてから再撮影すると
その続きの番号に戻った気がします。間違いでしたらごめんなさい。