はじめまして。
別に私は専門家ではないのですが、恐らく、どっちが良いという問題ではないと思います。
両者のバランスが大事なのではないでしょうか？
例えば液晶テレビを選ぶときに、水平解像度と、垂直解像度で、どちらが高い方がいいのか？
というような質問に似ていると思います。
レンズのMTF図の場合は水平／垂直ではなく、同心円方向（Ｍ）／放射方向（Ｓ）、すなわち、円周に沿った方向（Ｍ）／中心点から外に向かう方向（Ｓ）に対する解像度で性能を表示をしているだけです。
私がこのＭ／Ｓの差を実感したのが、銀塩写真の引き伸ばし機でピントを合わせる時でした。
本来、円であるはずの感光粒子（群？）が、周辺部においては同心円方向（あるいは放射方向）の楕円になるのです。このあたりが美しいボケに関係してくるのではないでしょうか？
極端な例ですが、Ｓ：１００点、Ｍ：０点 と Ｓ：５０点、Ｍ：５０点 の２本のレンズがあるとしたら、私なら後者を選びます。
私の場合、まずはバランスを重視し、できるだけバランスの取れた中で、予算に応じたレベルのレンズを選んでいます。