いろんな意味で誤差の範囲内かな、と思います。
となりの鉛筆をセンサーが拾った可能性もありますし、AFそのものの繰り返し誤差もあるでしょうし、経験的に見て「まあこんなもんかな」という範囲には収まっていると思います。
新聞を真正面から撮るとピントが合うのであれば、機械的にはほぼ正常な状態と考えていいでしょう。
カメラのAFというのは、使用環境の違いによってわずかながら(時には大きく)その性能が変化するものなのです。
ピントを合わせる色鉛筆を赤から緑に変えただけでも、結果が異なるかもしれません。
もちろん使用するレンズによっても変化します。値段の高い安いよりも、機械的なコンディションの良し悪しに左右されるようです。