煽るつもりも挑発するつもりもないのですが、仕事柄組み込み機器にフラッシュカードを選定している自分からすると、SDカードはCFにはかなわない点があるので速さだけで主流を奪うのは難しいと思います。
かなわない点とは、まさにコントローラーをカード側に持っているか本体側に搭載するかという違いで、コントローラーをカード本体にもつCFの方が信頼性面ではアドバンテージがあります。
SDカードの場合は機器本体にコントローラーを搭載しますが、結構カードの相性問題があります。 また、将来のデバイスに対してコントローラーが未対応のものか出てくる可能性があります。(デバイス対応リストが公表されるのはまさにそれによるもの)
また、フラッシュメモリーはアクセスに対しての耐性がありますが、CFもSDも今はNANDフラッシュメモリーを使用していますので、確率論(1/10,000,000〜1/1,000,000,000)位でビットエラーが発生します。 よく書き込み保障云々という言葉がありますが、実際はNANDフラッシュは読み書き両方でこのビット破壊が発生しますので使うだけ破損の確率が上がります。 そしてSDは本体にコントローラーを搭載している関係上、ビットエラーに対しての訂正はしてもらえますが、なるべくビットエラーが発生しないようにすべてのセクター/ブロックに対して平均化分散書き込みを行うことが困難です。
CFはそのカードにあわせたコントローラーを搭載しますので、この分散書き込み機能を組み込みやすくそれだけデータエラーの確立を減らしやすい構造になっています。 もちろん安さ勝負のリテールCFではそういう機能を盛り込まれていない粗悪なものも流通していますが、構造的に実施できるかどうかは大きな違いです。