--> ミスター さん
> メーカーにはAF精度調整というのがあると聞いたことがありますが
> 皆さんの判断でこれって調整した方がいいでしょうか？
ＡＦの精度調整については最近も盛り上がったスレがありましたね。カメラが合焦と判断したピント位置と実際のピント位置が異なるものを調整するのが目的です。前ピンや後ピン傾向を持つボディをジャスピンへ調整しようとするためのものです。
一方、今回の問題は動体追従性能に関するものだと想像します。エクステンダーを使用すると顕わしく動体追従性能が低下します。x1.4倍のエクステンダーの場合ＡＦ駆動速度が半分になるほか、EF400mmF2.8LISUSMですと装着ボディによっては通称ニッパチセンサーが動作しなくなり、焦点距離が伸びることに依る位相差拡大も相まって静止物ならともかく動体撮影は厳しいです。電車や車など軌跡が予測出来るものならまだしも飛ぶ鳥の撮影は絶望的だと想像します。
冒頭にある「久しぶり」という言葉から、以前にも同様のシステムでの撮影経験があるものと思いますが、そのときに比べ明らかに性能が低下したということでしょうか。それでしたら故障や異常の可能性も考えられます。またご使用されたエクステンダーはキヤノン純正のものでしょうか。サードパーティのものは極端に動体追従性能が落ちてしまうものがありますので注意が必要です。
ただ、
> 近所の家や遠くの柱などにはきちんとAFしました。
という発言から問題ないものと推測致します。
> またもしも出した場合、期間や修理費はどうなんでしょうか？
> 保証書はあります。
故障なら修理費は無料と考えられますが、キヤノンのサポートサイトで期間や修理費の目安が書かれていますのでそれを参照される方が良いでしょう。約二週間で一万円前後の場合が多いですが…