デジカメマンさんはじめまして。けろぶたと申します。
現在1DMK2N使用してます。5Dも使ってましたが手放しました。
まずJPG撮って出しの場合、5Dと1DMK2Nでは高感度ノイズは5Dのほうが少ないです。両方ともニュートラルでの比較です。
RAWの場合、DPP現像では同等だと思います。
個人的な意見で申しますと、ノイズは多いですがレタッチ耐性は1DMK2Nの方が優れていると思います。
5Dは暗部を持ち上げますと横縞ノイズが出やすくなりますが、1DMK2Nでは横縞ノイズは殆どありません。
1DMK2と1DMK2Nの場合高感度ノイズに関しては変わらないという感じがします。あくまで個人的意見なのでご了承下さい。