≫ G4 さん お役に立ててなによりです。
>２×４のサムネイルを指定して出力すると８枚分ある画像が３枚しか表示されません。
この現象は、両バージョンで試したところ、こちらでも再現しませんでした。
>１ページしか出力されない
これは、Canonで確認できなかったそうです。
まあ、いろんな環境で使用しているのですから、仕方ないところなのでしょうか？
ところで、DPP2.2はどうされましたか？
通常、バージョンダウンはできないので、CDからインストールすることになると思いますが、2.2をアンインストールせずにそのまま実行すると「すでにインストール済み」とかでて、終了してしまうのではないかと思います。
私は念のため、もともとあった「Digital Photo Professional」（2.2）のフォルダと中の2つのアプリをリネームしてからインストールし、無事に同じフォルダ内にDPPが同居しています。（2.2のほうは、今後のバージョンアップに備えてもとのネームに戻し、2.1のほうを「DPP2.1」「DPP_Batch2.1」というふうにしています。）
検証した限り、EOS Utilitiyの最新バージョンを使ったリモート撮影や、初期設定も両バージョンで同様に使えるようですし、試しに、2.2でピクチャースタイル「紅葉」を設定してみたところ、非対応の2.1でも適用されて表示され（jpeg/TIFFへの変換は不可）コンタクトシート印刷でPDFへの書き出しはOKでした。
残念ながら、同時起動はできませが（2台のカメラを接続しっ放しで、取り替えながらリモートできるかな？という期待もあったので...）、とりあえず2.1では最終的なINDEXの書き出しさえできればOKなので、切り替えて使っています。